*早的藍(lán)細(xì)菌是植物葉綠素*近的親緣植物。*早的藍(lán)細(xì)菌證據(jù)間接的來自于化學(xué)和物理的細(xì)微證據(jù)。目前仍需要仔細(xì)檢查以排除后來源的污染或是地質(zhì)過程中引起的改變。通常依據(jù)干烙根（kerogen）中的有機(jī)成分來進(jìn)行相關(guān)的分析。這些烴是不可溶的，因此不可能被時(shí)代較新的巖石所污染。化學(xué)分析同樣也很重視相對未發(fā)生變質(zhì)的巖石，這是因?yàn)闇囟群蛪毫?huì)以多種方式降解并改變烴，進(jìn)而污染重要的細(xì)微證據(jù)。
光合作用的指示之一是衡量干烙根中兩種碳同位素（12C和13C）的比值。兩種同位素都可見于二氧化碳?xì)怏w中，但是在現(xiàn)生植物中可以觀察到在光合作用中較輕的同位素較容易被吸收。這就使得植物體中12C的比值較背景值要高。與放射性同位素（14C）不同的是，12C和13C都是穩(wěn)定的，其比值在化石的有機(jī)物殘留中保持恒定，并可作為一種光合作用的明顯的指示劑。對干酪根的分析表明，在太古代已經(jīng)具有很好的光合作用了，可能*早的時(shí)間是35億年以前，甚至有可能是在38億年前。碳同位素證據(jù)與籃細(xì)菌的出現(xiàn)相吻合。部分巖石中產(chǎn)出有更多的籃細(xì)菌的特定的指示劑，如具有其細(xì)胞膜特征的、具有高度耐腐蝕性的分子，在27億年前的巖石中發(fā)現(xiàn)了來自這些分子的產(chǎn)物（如2甲基霍烷，2-methylhopane hydrocarbons）。
除了肉眼可見的證據(jù)意外，釋放氧氣的光合作用還長久性的極大規(guī)模的改變了古代巖石的成分和外觀。今天的鋼鐵工業(yè)需要大量的鐵礦石，大部分的鐵礦石都是來自于一組特定的古代巖石（20－35億年前）中的所謂的條帶狀赤鐵礦。這些富鐵的層位含有大量的赤鐵礦（Fe2O3）和磁鐵礦（Fe3O4），這些成分在巖石中加入了一條特定的紅色條帶。這些鐵的氧化物是在古代海洋中形成的，那時(shí)分子氧首先與鐵離子反應(yīng)，將鐵氧化為化合態(tài)，并從溶劑中沉淀出來，沉積在海床上。這種過程發(fā)生的幅度很大，并持續(xù)了近15億年。據(jù)估計(jì)，在這些鐵的沉積物中用來固定鐵的氧氣差不多相當(dāng)于今天大氣中氧氣的20倍。**能夠進(jìn)行釋放氧氣光合作用的微生物就是籃細(xì)菌，因此，條帶狀赤鐵礦的出現(xiàn)同時(shí)為籃細(xì)菌和光合作用均提供了額外的地質(zhì)學(xué)證據(jù)。